أطلقت الجمعية الملكية للتوعية الصحية بالتعاون مع وزارة التربية والتعليم ووزارة الصحة برنامج المدارس الصحية كمبادرة وطنية منذ عام 2008، يهدف البرنامج إلى إيجاد بيئة معززة للصحة في المدارس لتنعكس بشكل إيجابي على النمو البدني والاجتماعي والأداء الأكاديمي للطلبة.

يعتمد البرنامج على مجموعة من المعايير العالمية الموضوعة من قبل منظمة الأمم المتحدة للطفولة )اليونيسيف(، وجامعة جونز هوبكنز، ومؤسسة شركاء الإعلام لصحة الأسرة، تم العمل على هذه المعايير من قبل فريق وطني مختص و مواءمتها والسياق الأردني، . يعمل البرنامج بشكل أساسي على إيجاد بيئة مدرسية نظيفة وصحية وآمنة، كما يسعى لزيادة الوعي الصحي وتحسين الخدمات الصحية المقدمة للطلبة والعاملين في المدرسة على حدٍّ سواء. بالإضافة إلى ذلك، يهدف البرنامج إلى تعزيز الخيارات الغذائية الصحية والنشاط البدني وتطبيق قوانين الصحة العامة مثل منع التدخين داخل أسوار المدرسة، تنتسب المدارس طوعياً لتطبيق معايير البرنامج، ويتم العمل مع كادر المدرسة ضمن خطة عمل سنوية يتم التدرج خلالها بتفعيل وتطبيق المعايير الصحية المدرجة في البرنامج، وتستمر مرافقة المدرسة خلال العام الدراسي ودعمها لاتخاذ أفضل الاجراءات لضمان الوصول لأهدافها في البرنامج، يتبع ذلك الوصول لمرحلة التقييم والتي يتم خلالها قياس نسبة الإنجاز وتحقيق الأهداف

تم تعديل البرنامج ليشمل مساقين منفصلين بناءً على مدى جاهزية البنية التحتية داخل المدرسة: مساق المدارس الصحية ومساق المدارس المعززة للصحة. تقوم الجمعية وشركاؤها بالإشراف على المدارس الصحية خلال مدة تطبيق البرنامج والتي تستمر لمدة خمس سنوات أكاديمية. يتم تقييم أداء المدرسة سنويًا وفقًا للمعايير المخصصة لكل سنة ومستوى، حيث تُعتمد المدرسة كمدرسة صحية أو مدرسة معززة للصحة باستخدام نظام تقييم ثلاثي المستويات (برونزي، فضي، وذهبي / المرحلة الأولى، الثانية، والثالثة). يمتد الاعتماد لمدة عامين إضافيين متتاليين في مساق المدارس الصحية، يتم خلالهما متابعة المدارس المعتمدة لضمان استمرار تنفيذ المعايير، وتثبيت تعديل السلوك والنهج اعتماداً على المعايير الصحية.